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5 changes: 5 additions & 0 deletions bin/translate/prompts/pt.md
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Expand Up @@ -47,6 +47,11 @@ Use these translations consistently throughout:
| citation | citação |
| acknowledgement | agradecimento |
| usage | uso |
| accession | identificador|
| WGS | SGC |
| whole genome sequencing | sequenciamento de genoma completo |
|


### Terms to keep in English

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Expand Up @@ -15,13 +15,13 @@ analisar essas montagens de forma integrada com as [Bactopia Tools](/bactopia-to

## AllTheBacteria

O [Grupo de Zamin Iqbal](https://www.ebi.ac.uk/research/iqbal/), que nos trouxe as [661 mil montagens bacterianas](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001421),
O [Grupo de Zamin Iqbal](https://www.ebi.ac.uk/research/iqbal/), nos trouxe as [661 mil montagens bacterianas](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001421),
foi ainda mais longe com o [AllTheBacteria](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.08.584059v1).
Como alguém que já foi encarregado de montar "todos os genomas de _Staphylococcus aureus_" (_embora fossem apenas
cerca de 700 amostras em 2010!_), isso é realmente um feito impressionante e um recurso valioso para a comunidade!
Com as montagens mais recentes, a coleção agora conta com quase 2.000.000 de montagens bacterianas!

Semelhante aos métodos anteriores, a versão mais recente do AllTheBacteria usa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill)
Semelhante aos métodos anteriores, a versão mais recente do AllTheBacteria usa o programa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill)
para montagem. Além disso, cada montagem tem métricas básicas calculadas, passa por estimativa de abundância taxonômica
e tem sketches disponibilizados. Para mais detalhes sobre este projeto,
consulte:
Expand All @@ -43,7 +43,7 @@ agilizaria bastante uma série de análises downstream das montagens do AllTheBa
permitiria que pesquisadores chegassem rapidamente à ciência por trás dessas montagens.

Para ter uma ideia, atualmente existem 38 Bactopia Tools que utilizam montagens como entradas.
Em outras palavras, cada uma dessas ferramentas seria fácil de executar nas 2.000.000 montagens do AllTheBacteria.
Em outras palavras, cada uma dessas ferramentas seria fácil de executar para analisar as 2.000.000 montagens do AllTheBacteria.

<details>
<summary>Expanda para ver a lista de Bactopia Tools</summary>
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Expand Up @@ -47,19 +47,19 @@ alguns links para saber mais sobre o impacto e o alcance do Bactopia na comunida

O apoio a este projeto veio (em parte) de uma bolsa de Bioinformática em Saúde Pública da Emory
financiada pelo [CDC Emerging Infections Program](https://dph.georgia.gov/EIP), pela
[Wyoming Public Health Division](https://health.wyo.gov/publichealth/), pelo
[Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)](https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/),
[Divisão de Saúde Pública de Wyoming ](https://health.wyo.gov/publichealth/), pelo
[Centro para Epidemiologia aplicada e Controle de surtos - Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)](https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/),
e pelo [CZI Open Science Program (EOSS6)](https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/enhancing-the-bactopia-ecosystem-with-trainings-and-visual-reports/).

<div style={{display: 'flex', alignItems: 'center', justifyContent: 'center', gap: '1rem', flexWrap: 'wrap', margin: '2rem 0'}}>
<a href="https://dph.georgia.gov/EIP">
<img src="/img/gaeip-banner.png" alt="Georgia Emerging Infections Program" style={{width: '140px', borderRadius: '0.25rem'}} />
</a>
<a href="https://health.wyo.gov/publichealth/">
<img src="/img/wyphd-banner.jpg" alt="Wyoming Public Health Division" style={{width: '280px', borderRadius: '0.25rem'}} />
<img src="/img/wyphd-banner.jpg" alt="Divisão de Saúde Pública de Wyoming" style={{width: '280px', borderRadius: '0.25rem'}} />
</a>
<a href="https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/">
<img src="/img/cape-banner.png" alt="Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control" style={{width: '185px', borderRadius: '0.25rem'}} />
<img src="/img/cape-banner.png" alt="CCentro para Epidemiologia aplicada e Controle de surtos - Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)" style={{width: '185px', borderRadius: '0.25rem'}} />
</a>
<a href="https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/enhancing-the-bactopia-ecosystem-with-trainings-and-visual-reports/">
<img src="/img/czi-banner.png" alt="CZI EOSS6" style={{width: '185px', borderRadius: '0.25rem'}} />
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Expand Up @@ -17,8 +17,8 @@ seguir fornecerá alguns exemplos de cada uma dessas entradas aceitas, incluindo

- Reads Illumina e/ou Nanopore locais
- Montagens locais
- Accessions de Experimentos ENA/SRA
- Accessions do NCBI Assembly
- Identificadores de Experimentos ENA/SRA
- Identificadores do NCBI Assembly

Ao final deste guia, também vamos dar uma olhada em alguns parâmetros úteis. Se você
estiver interessado em aprender mais sobre o conjunto completo de parâmetros disponíveis
Expand Down Expand Up @@ -207,7 +207,7 @@ bactopia \
```
:::

### Accession ENA/SRA
### Identificadores ENA/SRA

O predecessor do Bactopia, [Staphopia](https://staphopia.github.io/), dependia muito da
capacidade de acessar FASTQs disponíveis publicamente no
Expand All @@ -216,7 +216,7 @@ capacidade de acessar FASTQs disponíveis publicamente no
capacidade de acessar rapidamente milhões de amostras fosse mantida no Bactopia.

Então, se você quiser incluir amostras disponíveis publicamente em sua análise, o Bactopia
tem isso integrado! Você pode fornecer um accession de *Experimento* (`--accession`), e o
tem isso integrado! Você pode fornecer um Identificadore de *Experimento* (`--accession`), e o
Bactopia usará [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) para baixar
automaticamente os arquivos FASTQ associados do ENA ou SRA. Em seguida, o arquivo FASTQ
baixado será processado pelo Bactopia exatamente como seus FASTQs locais normais.
Expand Down Expand Up @@ -248,11 +248,11 @@ Nos casos em que um único Experimento pode ter múltiplos accessions de Run ass
a ele, os arquivos FASTQ de cada Run são mesclados em um único conjunto de sequências.
:::

### Accession do NCBI Assembly
### Identificadores do NCBI Assembly

Se você pode processar montagens e baixar FASTQs do ENA/SRA de forma transparente, faz
sentido que você também possa processar montagens do NCBI Assembly! Similar ao download
de FASTQs do ENA/SRA, você pode fornecer um accession do *NCBI Assembly* usando
de FASTQs do ENA/SRA, você pode fornecer um Identificadoresaccession do *NCBI Assembly* usando
`--accession`. Esses accessions são os que começam com `GCF` ou `GCA`. Quando fornecido
um accession do NCBI Assembly, o Bactopia usará
[ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) para buscar a
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1 change: 1 addition & 0 deletions impact/acknowledgements.md
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Expand Up @@ -63,6 +63,7 @@ project's translation system
All translations are generated and maintained by AI using
[Claude](https://www.anthropic.com/claude) from Anthropic. Thank you to the
Nextflow team for making their translation infrastructure openly available!
The portuguese translation was revised by a native portuguese speaker (@Mxrcon)

## Public Datasets

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