From 81f8a14dcd533439ee0b8c22e067afeb52ef1c4e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Davi Marcon Date: Thu, 18 Jun 2026 12:02:15 -0300 Subject: [PATCH] complement the system prompt to consistently use "Identificadores" instead of "accessions" --- bin/translate/prompts/pt.md | 5 +++++ .../2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md | 6 +++--- .../current/index.mdx | 8 ++++---- .../current/beginners-guide.md | 12 ++++++------ impact/acknowledgements.md | 1 + 5 files changed, 19 insertions(+), 13 deletions(-) diff --git a/bin/translate/prompts/pt.md b/bin/translate/prompts/pt.md index bb41184d..86505c88 100644 --- a/bin/translate/prompts/pt.md +++ b/bin/translate/prompts/pt.md @@ -47,6 +47,11 @@ Use these translations consistently throughout: | citation | citação | | acknowledgement | agradecimento | | usage | uso | +| accession | identificador| +| WGS | SGC | +| whole genome sequencing | sequenciamento de genoma completo | +| + ### Terms to keep in English diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md index 1854835f..9d419f42 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-blog/2024/03/24-allthebacteria-tutorial/index.md @@ -15,13 +15,13 @@ analisar essas montagens de forma integrada com as [Bactopia Tools](/bactopia-to ## AllTheBacteria -O [Grupo de Zamin Iqbal](https://www.ebi.ac.uk/research/iqbal/), que nos trouxe as [661 mil montagens bacterianas](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001421), +O [Grupo de Zamin Iqbal](https://www.ebi.ac.uk/research/iqbal/), nos trouxe as [661 mil montagens bacterianas](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001421), foi ainda mais longe com o [AllTheBacteria](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.08.584059v1). Como alguém que já foi encarregado de montar "todos os genomas de _Staphylococcus aureus_" (_embora fossem apenas cerca de 700 amostras em 2010!_), isso é realmente um feito impressionante e um recurso valioso para a comunidade! Com as montagens mais recentes, a coleção agora conta com quase 2.000.000 de montagens bacterianas! -Semelhante aos métodos anteriores, a versão mais recente do AllTheBacteria usa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) +Semelhante aos métodos anteriores, a versão mais recente do AllTheBacteria usa o programa [Shovill](https://github.com/tseemann/shovill) para montagem. Além disso, cada montagem tem métricas básicas calculadas, passa por estimativa de abundância taxonômica e tem sketches disponibilizados. Para mais detalhes sobre este projeto, consulte: @@ -43,7 +43,7 @@ agilizaria bastante uma série de análises downstream das montagens do AllTheBa permitiria que pesquisadores chegassem rapidamente à ciência por trás dessas montagens. Para ter uma ideia, atualmente existem 38 Bactopia Tools que utilizam montagens como entradas. -Em outras palavras, cada uma dessas ferramentas seria fácil de executar nas 2.000.000 montagens do AllTheBacteria. +Em outras palavras, cada uma dessas ferramentas seria fácil de executar para analisar as 2.000.000 montagens do AllTheBacteria.
Expanda para ver a lista de Bactopia Tools diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx index d1ead4ec..dbd3266d 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs-impact/current/index.mdx @@ -47,8 +47,8 @@ alguns links para saber mais sobre o impacto e o alcance do Bactopia na comunida O apoio a este projeto veio (em parte) de uma bolsa de Bioinformática em Saúde Pública da Emory financiada pelo [CDC Emerging Infections Program](https://dph.georgia.gov/EIP), pela -[Wyoming Public Health Division](https://health.wyo.gov/publichealth/), pelo -[Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)](https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/), +[Divisão de Saúde Pública de Wyoming ](https://health.wyo.gov/publichealth/), pelo +[Centro para Epidemiologia aplicada e Controle de surtos - Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE)](https://www.linkedin.com/company/center-for-applied-pathogen-epidemiology-and-outbreak-control/), e pelo [CZI Open Science Program (EOSS6)](https://chanzuckerberg.com/eoss/proposals/enhancing-the-bactopia-ecosystem-with-trainings-and-visual-reports/).
@@ -56,10 +56,10 @@ e pelo [CZI Open Science Program (EOSS6)](https://chanzuckerberg.com/eoss/propos Georgia Emerging Infections Program - Wyoming Public Health Division + Divisão de Saúde Pública de Wyoming - Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control + CCentro para Epidemiologia aplicada e Controle de surtos - Center for Applied Pathogen Epidemiology and Outbreak Control (CAPE) CZI EOSS6 diff --git a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md index ccb499ad..df8cf38b 100644 --- a/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md +++ b/i18n/pt/docusaurus-plugin-content-docs/current/beginners-guide.md @@ -17,8 +17,8 @@ seguir fornecerá alguns exemplos de cada uma dessas entradas aceitas, incluindo - Reads Illumina e/ou Nanopore locais - Montagens locais -- Accessions de Experimentos ENA/SRA -- Accessions do NCBI Assembly +- Identificadores de Experimentos ENA/SRA +- Identificadores do NCBI Assembly Ao final deste guia, também vamos dar uma olhada em alguns parâmetros úteis. Se você estiver interessado em aprender mais sobre o conjunto completo de parâmetros disponíveis @@ -207,7 +207,7 @@ bactopia \ ``` ::: -### Accession ENA/SRA +### Identificadores ENA/SRA O predecessor do Bactopia, [Staphopia](https://staphopia.github.io/), dependia muito da capacidade de acessar FASTQs disponíveis publicamente no @@ -216,7 +216,7 @@ capacidade de acessar FASTQs disponíveis publicamente no capacidade de acessar rapidamente milhões de amostras fosse mantida no Bactopia. Então, se você quiser incluir amostras disponíveis publicamente em sua análise, o Bactopia -tem isso integrado! Você pode fornecer um accession de *Experimento* (`--accession`), e o +tem isso integrado! Você pode fornecer um Identificadore de *Experimento* (`--accession`), e o Bactopia usará [fastq-dl](https://github.com/rpetit3/fastq-dl) para baixar automaticamente os arquivos FASTQ associados do ENA ou SRA. Em seguida, o arquivo FASTQ baixado será processado pelo Bactopia exatamente como seus FASTQs locais normais. @@ -248,11 +248,11 @@ Nos casos em que um único Experimento pode ter múltiplos accessions de Run ass a ele, os arquivos FASTQ de cada Run são mesclados em um único conjunto de sequências. ::: -### Accession do NCBI Assembly +### Identificadores do NCBI Assembly Se você pode processar montagens e baixar FASTQs do ENA/SRA de forma transparente, faz sentido que você também possa processar montagens do NCBI Assembly! Similar ao download -de FASTQs do ENA/SRA, você pode fornecer um accession do *NCBI Assembly* usando +de FASTQs do ENA/SRA, você pode fornecer um Identificadoresaccession do *NCBI Assembly* usando `--accession`. Esses accessions são os que começam com `GCF` ou `GCA`. Quando fornecido um accession do NCBI Assembly, o Bactopia usará [ncbi-genome-download](https://github.com/kblin/ncbi-genome-download) para buscar a diff --git a/impact/acknowledgements.md b/impact/acknowledgements.md index 8878d9a0..76575332 100644 --- a/impact/acknowledgements.md +++ b/impact/acknowledgements.md @@ -63,6 +63,7 @@ project's translation system All translations are generated and maintained by AI using [Claude](https://www.anthropic.com/claude) from Anthropic. Thank you to the Nextflow team for making their translation infrastructure openly available! +The portuguese translation was revised by a native portuguese speaker (@Mxrcon) ## Public Datasets